GO、KEGG、PPI是蛋白质组学数据常见的三大生信分析内容，如何在文章中展示这些分析是很多老师关心的问题，小编为您总结了一些常见蛋白质组学专刊中2021年新发文章的图形展示，希望对您发表文章有所借鉴。

GO是Gene Ontology的简称，是基因功能国际标准分类体系。它旨在建立一个适用于各种物种的，对基因和蛋白质功能进行注释的信息资源库，他们把基因的功能分成了三个部分，分别是：细胞组分（cellular component, CC）、分子功能（molecular function, MF）、生物过程（biological process, BP）。

京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG) Pathway数据库(www.kegg.jp/kegg/pathway.html) ，储存了基因和基因组的功能信息，包括图解的细胞生化过程如代谢、膜转运、信号传递、细胞周期，以及同系保守的子通路等信息。通过对差异表达蛋白显著富集的信号通路进行分析，可以了解哪些通路在不同实验条件下发生了显著的系统性的改变。

蛋白质-蛋白质相互作用网络分析（Protein-Protein Interaction Network Analysis, PPI Network Analysis），是蛋白质组学的重要研究内容之一。蛋白质在行使生物功能时通过形成PPI网络以维持时间和空间上的协调一致，构建差异表达蛋白的相互作用网络，可以从蛋白质组层面发现差异表达蛋白的变化趋势，进一步帮助我们寻找差异表达蛋白中的关键节点。

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参考文献

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[3] Cao S ,  Chen Y ,  Yan Y , et al. Secretome and Comparative Proteomics of Yersinia pestis Identify Two Novel E3 Ubiquitin Ligases that Contribute to Plague Virulence[J]. Molecular & Cellular Proteomics, 2021:100066.

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