PubMed 是一个免费的搜寻引擎,提供生物医学方面的论文搜寻以及摘要。它的数据库来源为MEDLINE。其核心主题为医学,但亦包括其他与医学相关的领域,像是护理学或者其他健康学科。它同时也提供对于相关生物医学资讯上相当全面的支援,像是生化学与细胞生物学。该搜寻引擎是由美国国立医学图书馆提供,作为 Entrez 资讯检索系统的一部分。PubMed 的资讯并不包括期刊论文的全文,但可能提供指向全文提供者(付费或免费)的链接。
PubMed是因特网上使用最广泛的免费MEDLINE,是美国国家医学图书馆(NLM)所属的国家生物技术信息中心(NCBI)于2000年4月开发的,基于WEB的生物医学信息检索系统,它是NCBI Entrez整个数据库查询系统中的一个。PubMed界面提供与综合分子生物学数据库的链接,其内容包括:DNA与蛋白质序列,基因图数据,3D蛋白构象,人类孟德尔遗传在线,也包含着与提供期刊全文的出版商网址的链接等。
PubMed系统的特征工具栏提供辅助检索功能、侧栏提供其它检索如期刊数据库检索、主题词数据库检索和特征文献检索。提供原文获取服务免费提供题录和文摘,可与提供原文的网址链接,提供检索词自动转换匹配,操作简便、快捷。
Pubmed最近也是改头换面了,为了能够帮助大家快速熟悉上手新版Pubmed,我们这里进行了常用功能的总结,供大家参考。
首页是这样的:
目录
基本检索
高级检索
Mesh主题词检索
常用检索技巧
如何让Pubmed自动发送最新文献
如何使用Pubmed直接复制黏贴参考文献
基本检索
基本检索是PubMed最常用的检索方式。
在PubMed基本检索框中输入检索词,点击Search即可检索文献。
比如在检索框中直接输入septic shock,点击检索。
结果显示界面如下,中间主体内容为检索获得的文献,左侧主体内容为Pubmed自带或者你自己自主设置的过滤器。页面右侧顶端为检索获得文献的排序方式。
高级检索
点击高级检索后出现如下页面,主要包括3个部分,相信大家一看就懂,一个是可下拉式选择过滤器的检索方式(1);一个是自主书写检索式的检索方式(2);一个是进行联合检索以及保存检索式的地方(3)。
第一个检索方式如下,选择好相应的过滤器后,输入检索词,然后点击右侧逻辑词,就会出现在下方的query box里面。
然后你可以点击右侧的search或者添加至历史。
历史检索框这里,你可以点击Actions进行检索式组合,删除,或者保存。
你还可以点击Details查看检索式的具体情况,这对于书写meta分析检索策略至关重要。
Mesh主题词检索
主题词检索也是PubMed常用的检索方式。主题词检索一般包括主题词和副主题词两部分。
首先在进行主题词检索前,我们需要知道什么是主题词,什么是副主题词,以及从哪里可以查询主题词。
主题词是将文献研究的主要论点概括成(标引)一个或多个规范化的语词。
副主题词是对主题词的某一特定方面的限定,具有专指性。在进行主题词检索时可以根据需要添加副主题词,可以添加多个,也可以不添加。
主题词在哪里查看?在PubMed检索框右下角点击MeSH Database进入主题词数据库。
输入检索词,点击搜索,即可进入主题词结果界面。
点击sepsis后,进入主题词界面,在这个界面可以查看副主题词以及该主题词的其他信息。
在下图,我们还可以查看该主题词相似词汇,均可以作为关键词进行同时检索。
我们可以选中多个副主题词,也可以不选择,点击生成检索式,在点击下面的检索,即可检索文献。
如下图,我们选择sepsis作为主题词,选择diagnosis和treatment作为副主题词,使用OR逻辑词连接,检索相关的文献。
常用检索技巧
布尔逻辑算符:and、or、not
截词算符:*、?
位置算符:(W) 、(N) 、 NEAR、PRE…
(一)布尔逻辑算符
1.逻辑“与”(AND或*):是指两个概念的交集。
A AND B 或A*B表示检出同时含有A、B两个检索词的记录。
2.逻辑“或”(OR或+):是指两个概念的并集。
A OR B或A+B表示检出所有含有A词或者B词的记录。
3.逻辑“非”(NOT或—):表示从两个概念中除去交叉的部分。
ANOTB 或A-B表示检出含有A词,但同时不含有B词的记录。
逻辑算符的优先级为:NOT>AND>OR
注:如想改变运算先后顺序,可以使用括号,逻辑算符的优先级为()>NOT>AND>OR
(二 )截词符
截词,是指在检索词的适当位置截断。截词检索就是用截断的词的一个局部进行的检索,并认为凡满足这个词局部中的所有字符(串)的文献,都为命中的文献。
截词检索是一种提高查全率,防止漏检的检索技术,尤其在 英文检索 中被广泛使用。
常用的截词符有两种:
“*” 表示截断无限个字符,即无限截断;
“?”表示截断一个字符,即有限截断。
(二 )位置符
with:A(W)B
表示其两侧的检索词必须按前后顺序出现在记录中,不能颠倒,且两词之间不允许插入其他词,只可能有空格或一个标点符号。
near:A(N)B
表示其两侧的检索词前后位置可以颠倒,在两词之间不允许插入其他词,只可能有空格或一个标点符号。
如何让Pubmed自动发送最新文献
第一步 注册 PubMed PubMed 是可以免费注册的,注册后即可享用很多个性化的服务,其中最重要的一项服务就是主动为自己推送最新文献。如果个人还没有注册,进入 PubMed 界面上可见右上角显示为:“Sign in to NCBI”。注册 PubMed 的第一步就是点击“Sign in to NCBI”,之后可以进入注册 界面。点击左下角的 Register for an NCBI account,可以进入设置参数 的注册界面。在这个注册界面中,个人根据注册提示填写相应内容即可。需要特别注意的是,PubMed 会默认填写的邮箱地址为今后接收推送文章的邮箱。填写完毕后就可以登录 PubMed了,登陆后的界面右上角变成:你的用户名。
第二步 保存检索式和设定推送方法在 PubMed 检索时,我们将检索式设定为:"sepsis" AND "resuscitation",表示所有与脓毒症复苏相关的文章,检索界面见下图1。这里需要说明的是,在本例中,笔者使用的是自由词检索,这种检索方法有时并不是十分准确。实际上,检索词的制定可以根据个人习惯来制定,其中可以设定多个布尔逻辑运算、截词检索、主题词检索、限制字段检索等方式。完成检索后,点击检索框下面的Create alert,可以进入图 2 界面。
图1
图2
下面笔者简要介绍这个菜单中每个选项的意思:
Name of search:即检索结果的名称,默认的名称是检索式,但是可以根据个人习惯更改。例如在本例中,笔者就将检索结果命名为 “ sepsis AND resuscitation ”。
Search terms:是指自己的检索式,一般不需要更改。
Would you like E-mail updatesof new search results:默认的选项是 No,Thanks。此处一定要更改为Yes,please。
E-mail:即 当 有 新 的 文 献 时,PubMed 需要将内容推送至的邮箱。该邮箱一般默认为注册邮箱。当然,个人也可以根据自己的习惯更改邮箱。
Schedule:表示推送频率,一般建议选择 daily,即每天推送。需要说明的是,如果没有文献更新,PubMed当天不会推送相关内容。
Format:即 推 送 格 式, 一 般 选择 Summary, 即 只 推 送 标 题、 杂 志名、作者等内容。当然,也可以选择Medline 格式,此时会推送摘要。
Number of items:这个比较关键,即每次推送的条目数,一般建议设置为 200(即最大值)。如果设置为 5 条,而当天 PubMed 有 10 条更新,则其只会推送前 5 条。因此建议设置为最大。
设置完成后,点击 Save,即完成了推送的相关设置。此后,一旦有相关的更新,PubMed 会在 24 小时内向订阅者的邮箱发送相关文献。如果想退订相关内容,直接点击邮件中的 Unsubscribe 即 可。当 然,也可以通过 PubMed 中的 My NCBI 进行退订。
如何使用Pubmed直接复制黏贴参考文献
曾几何时,我们写作论文,整理申请材料,制作个人简历时,在添加参考文献或者添加自己发表的论文时,均是在谷歌学术、百度学术检索,然后点击“引用”复制黏贴就可以,有时确实是非常方便的,如下操作:
但是我们最常使用的Pubmed老版是这样的“空空如也”,在老版Pubmed里面确实没有可供直接生成,然后复制黏贴的功能。以前我们在不是大批量操作时,甚至会按照相应的格式进行一一复制,例如先复制作者名字,然后复制期刊名字,以及卷号,期号,页码等等。
但是新版的Pubmed对此进行了改进,在检索得到文献后,下方出现了“Cite”选项,点击之后可以进行如下操作,直接复制;更改格式。当然这里提供的格式也是有限的,提供了APA,AMA,MLA,NLM四种。至于这四种引用格式有什么区别,可见如下表格: